攻入水城的明军动作很快。毛承禄被活捉。其余一千多守水城城墙的叛军大多数被擒被杀。但仍有一部分叛军退守登州城海边的丹崖山，准备做困兽之斗，（丹崖山上有宋代修建的蓬莱阁、苏公祠等名胜古迹）。

朱大典对最后这支叛军队伍并没有斩尽杀绝，他派出了宋把总这些反正的叛军武官对他们进行劝降，叛军大部下山投降，一部分人投海自杀。登州城终于收复了。

而这时候驻守在皮岛、旅顺的明军总兵黄龙率领的水师也赶到了。水师对叛军的舰船进行了截杀，叛军武官陈光福被俘。叛军舰船又损失了七艘。

虽然损失还不算大，但是这次截杀彻底把叛军设想的：在辽东沿海占据一个岛屿或一块三不管的地方，武装割据一方的梦想给彻底打碎。走投无路之下，孔有德和耿精忠铁了心，他们带领剩下的舰船、人员，投降明朝的敌国——后金。

于是孔有德立刻派人与后金联络接洽，接着他们在后金指定的地点登陆。皇太极派出了汉八旗将领打退了明军的追剿，接应孔有德叛军进入后金的领土。

对于孔有德这些东江镇的叛军的投降，一开始皇太极也有些不敢相信，到底东江镇和后金之间的仇恨太深了。皇太极开始还以为是明朝做出的苦肉计呢。

不过当皇太极了解到这次孔有德是把他们家属全部带在身边来投降的，也证实了这次是真实的投降行动后，皇太极是大喜过望，他亲自在盛京（即现在的沈阳）城外迎接孔有德、耿仲明。

孔有德这次投降的人数有一万零三百多叛军及其家属（其中战斗部队三千一百人），孔有德投降后，他的部队被改编为汉八旗，但番号却不是“尼堪超哈”（汉兵）而是“乌珍超哈”（火器兵），这足以看出皇太极对这支部队的另眼相看。

但最令后金高兴的是，孔有德带来了至少二十门葡萄牙澳门造炮局原装的西洋大炮和大量明朝