而崇祯皇帝对于杨嗣昌的各种请求差不多是言听计从，立即批准任命左良玉为平贼将军，把内府的大印派专员驰送前线。左良玉也确实颇为感奋，秣马厉兵，准备对张献忠大战一场，以雪前仇。杨嗣昌则并不急于发兵，而是积极整顿部队，调配力量，囤粮输饷，巩固后方，准备蓄力而发，一举取胜。

而此时崇祯皇帝对杨嗣昌的支持丝毫未减少。就是朝臣们在杨嗣昌督师亲赴前线之后，出于一种对大臣身临战阵的尊重，也停止了对他的各种攻击。只有兵部因为要同这位在外的枢辅不断地打交道，不免发生一些龃龉。

而杨嗣昌不断有兵饷方面的要求，兵部很难全部满足，而且有些事情是有制度成例的，兵部也不愿随意改动，破坏了规矩。崇祯十二年底，杨嗣昌疏劾兵部不任职守，妨害围剿大计。兵部尚书傅宗龙虽然是杨嗣昌推荐上来的，却对他的以势压人很不服气，就回了一本，说杨嗣昌“徒耗国家军资，不能立功报效，并以势欺凌朝廷大臣”。

可是崇祯皇帝对傅宗龙在关键时刻不能同督师同舟共济非常恼火，正巧兵部又在辽东用人的问题上有一个失误，就以玩忽职守、戏视封疆的罪名把他逮进监狱。刑部拟罪遣戍，崇祯皇帝不肯，大有置之死地之势。又一位重臣因为得罪了杨嗣昌入狱去了。

在罢免傅宗龙后，崇祯皇帝任用杨嗣昌一直极力推荐的陈新甲为兵部尚书。陈新甲是举人出身，在明代历史上以举人而任尚书的只有寥寥数人，因而正牌进士们很不服气。但陈新甲确实是个干才，思路又同杨嗣昌相近，因而在本兵任上对杨嗣昌给予了很大的支持。

有皇帝全心全意的信任，有兵部尽心竭力的配合，又有阁部督师的巨大权威，杨嗣昌就准备摩拳擦掌大干一场了。于是在这年年末，他在楚、豫、川、陕各省四处张榜，上面刻印着张献忠的头像，并下书赏格：“能擒张献忠者赏万金，爵通侯。”