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作为近代不被中国政斧承认的海外族群，印尼华人有着极为悲惨的历史，二战之前荷兰殖民者有意引导的无数次针对华人的大屠杀就不说了，仅就抗战结束后的遭遇来看，为中国抗战胜利做出巨大贡献的印尼华人遭到了严重迫害。

1959年印尼总统苏加诺下达命令，强迫印尼华人关闭在农村的产业，搬迁到城市居住，随后又下达命令，所有华人都必须改为印尼姓，中文报纸只保留一个，所有华人的宗教活动被限制在屋内，中文学校逐渐被淘汰，中文不允许出现在公共场合。1965年至1975年期间，军队和警察猖狂虐待印尼华人，比如公开抢劫和强歼。在这期间，警察可以虐待任意说中文的人，在这一艰苦时期存活的唯一方法是行贿。

在印尼读力期间参加游击队抗击荷兰殖民者的那些华人，对于印尼政斧的排华政斧严重不满，他们随后也遭到印尼政斧的清洗，不是被野蛮地处死，就是被流放或者关押，准备串联反抗的人被秘密杀害。1967年，西加里曼丹的事件中，近五万名华人被指为分裂分子而被处决。

印尼华人除了经济和产业外的其他方面全部被禁止，这使得他们专注于这些方面，取得极大的成功，不过这却给了印尼政斧和军方带来从中国商人那里索取贿赂的机会，贿赂和[***]成为常态。

大多数印尼华人都不是穆斯林，这加重了当地穆斯林对他们的敌意。从爪哇最早的穆斯林传教士是华裔的这个角度来看，这十分可笑。有历史理论认为第一个将穆斯林信仰带到印度尼西亚的人是中国商人，特别是随郑和来到三宝垄的商人。

随着排华情绪在印尼越来越严重，针对华人的屠杀时有发生。印尼华人的身份证上标记为印度尼西亚公民，而不是像其他印尼人的身份证上只写“印度尼西亚人”，这作为印尼华人的一种婉转的标记，让官员更容易向他们索要贿赂，类似希特勒要犹太