司所在地，阿拉山口设置所，孛罗城设两个卫，亦力把里城、阿拉木图、塔拉兹等设卫。
有一个棘手的地方，让朱棣很是难以抉择：
塔什干。
目前，塔什干处在大明的控制之下，但包括杨荣、刘儁在内，众人皆主张不在塔什干设卫所，驻留军士。换言之，他们想要舍弃塔什干。